1 负责流域水资源保护工作。贯彻执行国家有关水资源保护、水污染防治的方针、政策和法律、法规；参与拟订并组织实施流域水资源保护、水污染防治的法规和规章；参与拟订跨省或省际河流省界水体水质标准，并监督实施。
2 组织编制并监督实施流域水资源保护规划和水污染防治规划；组织流域内水功能区的划分和向饮用水水源保护区等水域排污的控制，负责流域水功能区的监督管理；审定流域内水域纳污能力，提出限制排污总量意见。
3 负责流域入河（湖、库）排污口和水体纳污总量的监督管理；负责流域内干流跨省支流的主要河段、省界河道入河排污口设置的审查监督；负责取水许可水质管理。
参与流域内重大建设项目的水资源论证审查；协助审查流域内大、中型建设项目环境影响评价报告书。
4 统一规划流域级水质监测站网，并实施行业管理；负责省界水体、重要水域和直管河湖库及跨流域调水的水质监测工作；定期发布流域水资源状况公报。
5 组织流域各省人民政府环境保护行政主管部门、水行政主管部门等开展枯水期水污染联防工作，负责重要水闸防污调度；组织开展联防区域污染源限排并进行监督检查。
6 按照规定和授权，组织开展流域水资源保护和水污染防治监督检查；负责流域内省际水污染纠纷调查、监测，并提出处理意见。
7 负责流域水资源保护和水污染防治宣传、培训工作；组织开展流域水资源保护科技发展和科学研究工作。
8 负责委交其占有、使用的国有资产管理工作；发挥人才、技术优势，开展技术服务工作。
9 承办淮河流域水资源保护领导小组办公室日常工作。
10 承办水利部、国家环保总局和淮委交办的其它工作。