1、根据淮委《关于印发〈治淮工程建设管理局（水利水电工程建设管理 中心）主要职责机构和人员编制规定〉的通知》（淮委人事〔2011〕235号）的精神，淮委建设局为副局级事业单位，编制50人，下设综合处、计划财务处、项目管理处，质量与安全管理处（均为正处级)。2016年根据淮委《水利部淮河水利委员会关于淮委治淮工程建设管理局（水利水电工程建设管理中心）综合处加挂纪检监察处牌子的通知》（淮委人事〔2016〕174号），淮委建设局综合处加挂纪检监察处牌子。

2、淮委建设局成立后，先后组建现场管理机构：淮委怀洪新河工程建设管理处、淮委东调南下工程建设管理处、淮委石梁河水库扩大泄量工程建设管理处、淮委蚌埠闸扩建工程建设管理处、淮委省界河道工程建设管理处、淮委入海水道工程建设管理局、淮委淮河防汛调度设施工程建设管理处、淮委洪汝河下游河道治理工程建设管理处、淮委南水北调东线工程建管局、淮委淮干整治及堤防加固工程建管处、淮委刘家道口枢纽工程建设管理局、淮委沙颍河治理工程建管局、淮委南水北调中线一期陶岔渠首枢纽工程建设管理局、淮委治淮工程建设管理局蚌浮段行洪区调整和建设工程建管局、淮委建设局引江济淮工程建设管理局、淮委建设局洪汝河治理工程建设管理局。

3、各处根据需要设置科室。 

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